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Según la mayoría de los historiadores de la Virgen de San Juan, afirman que San Juan Bautista Mezquititlán fue refundado en 1542 con indios de Nochistlán, Zacatecas, sacados del pueblo de San Gaspar, para aminorar su belicosidad.
LLEGA LA INMACULADA MARIA EN EL PECHO DE UN FRANCISCANO, Al recién refundado pueblo de indios, en 1542, bautizado por los misioneros franciscanos como San Juan Bautista Mezqui- titlán, Fray Antonio de Segovia y Miguel de Bolonia“, sus primeros doctrineros, descolgándose de su pecho la pequeñita y santa Imagen de la Inmaculada Virgen María, la entregaron a los recién convertidos nativos, como la dulce Madre llena de misericordia, Salud de los enfermos y Consuelo de los afligidos. Y la colocaron, por eso, en la pequeña capillita, de 20 por 8 varas de tamaño ((16.76m por 6.7m), de adobe y paja, que cobijaba el pobre hospital de indios. Así, con este sagrado tesoro, comenzó la historia de Nuestra Señora de San Juan en el pueblo indígena de Mezquititlán, pasada la muy peleada y dolorosa Guerra del Mixtón (en diciembre de 1541) entre indios y españoles";- durante la pacificación negociada por los mansos y humildes misioneros franciscanos, llevando entre sus manos a Nuestra Señora de la Expectación (luego llamada Nuestra Señora de Zapopan).
Pasado, casi un siglo de su llegada, -insistimos de nuevo en este hecho- una india ya muy anciana', llamada Ana Lucía, guardiana de la Sagrada Imagencita, sacará de sus recuerdos de niña, lo que siempre le contaron sus padres: "-Que un religioso misionero, había traído esa preciosa imagencita-". Así lo declaró primero a su Párroco Diego Herrera, después del grandioso milagro de la niña cirquerita, en 1623. Y más delante volverá a repetírselo, en 1634, a Contreras Fuerte, el sacerdote notario.
Por otras informaciones, sabemos que ese "religioso misionero" no pudo ser otro que Fray Miguel de Bolonia, quien, desde el Convento de Juchipila, incursionaba para evangelizar a los indios cazcanes que, de aquellas lejanas tierras de Nochistlán, habían obligado habitar en estas tierras de: San Gaspar, Jalostotitlán y San Juan Bautista Mezquititlán, entre otros pueblos.
Y así, mientras Fray Miguel de Bolonia evangelizaba esta y otras regiones, Fray Antonio de Segovia, que era su superior, se ocupaba de evangelizar allá, en los valles extensos de Guadalajara y de Zapotlán. Llamándosele, por eso, “el Evangelizador de la Nueva Galicia" –Ciertamente más extenso era el territorio de la Nueva Galicia que el del Estado de Jalisco.
